Ash, Pikachu a parta se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách starobylého vodního města Altomare. K dobrodružství se připojují i dva noví legendární Pokémoni, sourozenci Latias a Latios, kteří slouží jako strážci míru a ochránci Rosy duše – neocenitelného pokladu s tajemnou mocí.