Tento dokument zpochybňuje předpoklad, že vakcíny jsou bezpečné. Použití těžkých kovů, jako je rtuť, spojitost s autismem a vysoký počet vakcín podávaných dětem v raném věku, to vše jsou argumenty, které zde zaznívají. Film vypráví o noční můře rodičů, kteří ztratili dítě krátce po očkování. V dokumentu Vaccine Nation se mluví i o vládních zatajováních a podvodech spojených s korupcí ve vědecké komunitě.