Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd a William se vrací ke každodennímu životu studentů na Kadicově akademii. Ale XANA, multiagentní program, který se stal jejich úhlavním nepřítelem a kterého se jim podařilo zničit v jejich předchozích dobrodružstvích, se znovu objevuje. Lyoko bojovníci reaktivují superpočítač, aby se vrátili na Lyoko, zjistili důvody tohoto znovuzjevení a ukončili ho dříve, než bude Země znovu ohrožena.